Krzyż w chrześcijaństwie pojawia się najpierw jako monogram, znak rozpoznawczy. Przez cztery pierwsze wieki unikano przedstawiania Chrystusa na krzyżu. Egzegeci i teologowie czasów apostolskich mieli zdało się trudność nie do rozwiązania: Boga ukrzyżowanego, będącego "zgorszeniem dla Żydów i głupstwem dla pogan" (I Kor. 1,23). Boga, który zrównał się z grzesznikami; z najmniejszymi, którzy nic nie mają i cierpią. Uciekano od historycznej rzeczywistości ukrzyżowania. Chrystusa przedstawiano w pełnym majestacie, imponująco. Chrystus nie wisiał na krzyżu lecz tronował przed krzyżem upiększonym złotem, drogimi kamienia. Pierwsze unikalne obrazy Jezusa na krzyżu pochodzą z V w. Na drzwiach kościoła św. Sabiny w Rzymie, w scenie ukrzyżowania z VI w. pokazano, że Chrystus żyje. Od VI do IX w. w przedstawieniach ukrzyżowania, Jezus jest wyprostowany i żyjący. Odziany jest w tunikę z krótkimi rękawami. Tunika jest odpowiednikiem całodzianej szaty kultowej żydowskiego kapłana, a fakt takiego nawiązania dodaje Zwycięskiemu Zbawicielowi majestatycznej powagi Pana, gdyż występuje na krzyżu jako arcykapłan Nowego Przymierza. Uwaga zwrócona jest nie na cierpienie Jezusa lecz na dokonane przez Niego odkupienie.

W wieku XI zaczęto przedstawiać Chrystusa obnażonego i umarłego, z pochyloną głową i przegiętym ciałem. Ten schemat, z małymi wariantami, powtarzany jest w ikonografii kościoła wschodniego po dzień dzisiejszy. W nawiązaniu do starej tradycji krzyż otrzymał trzy poprzeczki: górna ma odpowiadać tablicy z napisem objaśniającym winę skazańca, dolna jest odpowiednikiem podnóżka, który miał podtrzymywać nogi powieszonego dla przedłużenia męki. Odnowa Kościoła ogłoszona przez sobór Lateraneński w 1215 r. oraz ruch ewangeliczno-apostolski św. Franciszka, w odniesieniu do Chrystusa Ukrzyżowanego akcentują kierunek uczuciowy, praktyczny, ludzki. Prowadzi on od liryzmu i religijnego wzruszenia po gwałtowność i egzaltację ukrzyżowań mistycznych. Korona królewska zastąpiona została koroną cierniową, która w XIII w. zwiększa swe wymiary. Wizja Zbawiciela ukoronowanego cierniem, wyniszczonego cierpieniem i udrękami męki, ukazanego ludziom jako wzór do naśladowania w scenie "Ecce Homo", ogarnia duchowość i sztukę XIV wieku. Chrystus cierpiący na krzyżu uzyska w XIV stuleciu pełną supremację, zarówno w ikonografii jak i w duchowym życiu wiernych.

Starcie z Reformacją rozbudziło religijność mas. Wracano do kultu wizerunków, do hagiografii. Dewocja przybrała charakter masowy. Trudnościom i potrzebom religijno-duchowym wyszedł naprzeciw opat humanista Erazm Ciołek. Około 1530 r. uzyskał w Stolicy Apostolskiej przywilej wyłączający na stale kościół klasztorny w Mogile z przepisów o klauzurze. Wierni mogli każdego dnia w określonych godzinach modlić się, uczestniczyć w nabożeństwach. Wcześniej, na spotkanie z nimi przystroił wnętrze. Założył tynki na ściany i pomalował. Ustawił nowe stalle zakonne w nawie głównej. Zbudował organy. Dla króla i jego gości przebudował przeorat. Stąd na południowej ścianie tablica z popiersiem Zygmunta Starego.

Nie znane są szczegóły uzasadnień Ciołka zabiegającego w Rzymie o otwarcie kościoła zakonnego dla wiernych z zewnątrz. Problem wykraczał daleko poza teren parafii i poza wspólnotę klasztorną. Niewątpliwie wiązał się z kultem Pana Jezusa Ukrzyżowanego. Działy się tu sprawy niezwykłe. Nie przyniósł zamierzonych rozwiązań, nie satysfakcjonował wybudowany przez opata Bartłomieja Remira w 1490 roku trzeci na niewielkiej przestrzeni kościół-kaplica św. Bernarda i św. Zofii. Przeznaczony specjalnie dla "niewiast" nawiedzających Mogiłę. Obdarowany odpustami i duchownymi przywilejami. Napływ ludzi i wymagania wzrastały. Mnożyły się kłopoty. Swoją decyzją Papież je rozwiązywał. Równocześnie potwierdzał zadawniony, ugruntowany kult i promował miejsce na sanktuarium.

Dopiero XVII wiek przekazał nam historię publicznej czci Krucyfiksu. Bogaty zbiór dokumentacji otwiera sztalugowy obraz z 1622 roku Wojciecha Maliśkiewicza. Przedstawia zbiorową adorację cudownego Chrystusa Ukrzyżowanego w Mogile przez polską szlachtę. Podzieleni na "ważniejszych" (senatorów), w sutych strojach, zwróconych do nas twarzami, i mniej ważnych - podgolonych, przyozdobionych czubami, staropolskich "sarmatów", ustawionych z boku i plecami. Klęczą wokół wizerunku Krzyża, postawionego w środku transeptu. W 1638 r. papież Urban VIII udziela odpustu zupełnego na dzień Znalezienia oraz Podwyższenia Krzyża św. wiernym "obojga płci", którzy nawiedzą kościół klasztorny, wyspowiadają się, przyjmą Komunię św. i pomodlą się przed ołtarzem Krzyża św. Ponowne nadanie odpustu otrzymał klas-mor od papieża Inocentego X w roku 1650. W roku 1653 biskup krakowski Piotr Gębicki pozwolił w te dni wystawić Najświętszy Sakrament na wielkim ołtarzu i odprawić procesję pod baldachimem.

Z wydanej w Krakowie w 1647 r. książki Hyacynta Pruszcza: Stołecznego miasta Krakowa kościoły i klejnoty dowiadujemy się, że Mogiła jest " miejscem znanym wszystkiemu Krakowowi i inszym postronnym ludziom, dla cudów przy Pasyji Chrystusa, które Pan Bóg raczy czynić". Ten sam autor (zmarł w 1668 r.), w innej, drugiej książce: Morze Łaski Bożej, które Pan Bóg w Koronie Polskiej przy różnych miejscach, przy obrazach Chrystusa Pana i Matki Jego Przenajświętrzej na serca ludzi pobożnych... wylewa, wydanej w Krakowie w 1662 r. podaje więcej szczegółów. Pisze: "W Mogile wsi tak zwanej, w mili od Krakowa, w kościele cystersów jest Pasja albo Krucyfiks od błogosławionego Iwona biskupa krakowskiego, stryja św. Jacka a fundatora tychże Ojców na tymże miejscu zrazu zaraz tam postawiony (jako tradycja piorum veterum Patrum - stara tradycja pobożnych ojców świadczy) cudami wielkimi aż do tego czasu sławny. Wiele bowiem ludzi umarłych do niego ofiarowanych, kaduk i różne niemocy cierpiących z wielkiego Miłosierdzia Bożego uzdrowionych było, o czym wota rozmaite świadczą. Idem patet ex Tabula appensa ab erectione monasteru - co można wyczytać także z zapisów cudów na drewnianej tablicy umieszczonej przy Krzyżu od założenia klasztoru". Ksiądz Pruszcz przekazuje cenną wiadomość o zawieszonej przy ołtarzu - średniowiecznym zwyczajem - tablicy, na której kustosz kościoła zapisywał według kolejności zdarzeń, doznane nadzwyczajne łaski, cuda. Potwierdza ustną tradycję o bardzo dawnej przeszłości cudownego Wizerunku i jego oddziaływaniu na przybywających pielgrzymów. Żadna z tablic - po zapisaniu do końca jednej, zawieszano następną - nie przetrwała do naszych czasów.

W czasie najazdu Szwedów, w 1655 r. co cenniejsze wota, argentaria z kaplicy i kościelnego skarbca, ówczesny prowizor O. Jan Budzyński (+ 1677) z obawy przed grabieżą wywiózł i zdeponował u znajomych krakowskich kupców. Nigdy nie zostały one zwrócone klasztorowi. Przepadły bezpowrotnie kolejne, nieocenione dowody kultu, pamiątki po pątnikach. Resztę spopielił ogień w 1708 r.

Przy odbudowie po pożarze, zmodernizowano wnętrze kaplicy. Postarano się o nowy, okazały ołtarz; w ścianie dzielącej kaplice bliźnie przebito otwór dla swobodnego dostępu i przemieszczania się ludzi wokół ołtarza; wymieniono posadzkę. W bocznej, północnej części posadzka jest specjalnie szramowana. Ma ciasno pofalowane koleiny. Przypomina to i uzmysławia wielowiekową przeszłość Krzyża, wiarę pokoleń, które przed Nim się modliły oraz zachęca, aby Jezusowy ołtarz obejść na klęczkach. W południowej ścianie krużganków jest wkomponowana piaskowcowa płyta nagrobna wyjęta z posadzki transeptu. W płycie zachowane jest autentyczne, duże wgłębienie - ślad po przesuwaniu się po niej na kolanach czcicieli Krzyża, z czasów kiedy znajdował się na środku kościoła.

Porozbiorowa niewola, represje wzbogacają miejscową tradycję o nowe elementy. Wzrasta popularność Krzyża "sławnego łaskami". Jak nigdy dotąd, z Krakowa i okolicy przybywają tłumy szukających duchowego wsparcia, natchnienia, wiary. Chcą nie tylko zdrowia. Twórcy, pisarze, historycy, świeccy i duchowni zafascynowani kolorytem wiejskiej pobożności, przekazują w swych pracach innym wartości moralne, nieodzowne do odrodzenia narodowego, które tu zauważają. Komedioopera "Krakowiacy i Górale" Wojciecha Bogusławskiego wystawiona w 1794 r., staje się wydarzeniem. Potem dołącza Wincenty Pol, Cyprian Norwid, Ambroży Grabowski, Władysław Łuszczkiewicz, Józef Szujski, Józef Łepkowski, Wojciech Kętrzyński, Eugeniusz Janota...

Na 500-lecie istnienia Uniwersytetu Krakowskiego w 1864 r. Towarzystwo Naukowe publikuje obszerną "Monografię opactwa cystersów we wsi Mogile". W 1877 r. przeor i kaznodzieja u św. Bartłomieja - o. Andrzej Kronenberger wydaje po raz pierwszy: Wiadomość o wizerunku cudownym Pana Jezusa w kościele cystersów w Mogile.

Zaraz rano dźwięk dzwonów, później huk moździerzy i działek klasztornych rwie powietrze. Kościół napełnia się i przepełnia. Msza za mszą. Modlą się ludzie. Muzyka grzmi. Tu gromada górali otacza spowiednika w wysokim rozsiadłego konfesjonale.. Tu znów bractwo franciszkańskie odziane w czarne kapy, pobożne śpiewa hymny. To znów na głos kaznodzieji rwą się duszne westchnienia, obijając się o sklepień łuki. W całym kościele tłoczno. Ćma narodu. Mgła gęsta w powietrzu...

Szczególnymi względami darzył opactwo biskup krakowski Karol Skórkowski. Od 1830 do 1835 r. odprawiał tu w atmosferze ciszy i modlitwy swoje coroczne rekolekcje biskupie, doglądał dydcypliny zakonnej. Za sprzyjanie powstaniu listopadowemu, na żądanie cara Mikołaja I został usunięty z Krakowa. W latach 1850 - 1857 zamieszkał "na przeoracie" drugi banita, świątobliwy biskup tarnowski Józef Grzegorz Wojtarowicz. Wygnany z diecezji przez Franciszka Józefa I z powodu postawy wobec wypadków lutowych 1846 r.

W 6-tym roku życia Adam Chmielowski poważnie zachorował. Pobożna matka odbyła na intencję wyzdrowienia syna pielgrzymkę 15 IX 1851 r. z Igołomii do Mogiły. Mały Adam ofiarowany został cudownemu wizerunkowi Jezusa Ukrzyżowanego, przywdziany do tej ceremonii w habit zakonny. I takim uwiecznił go na rysunku malarz Jan F. Piwarski. Siostry i Bracia albertyńscy często przychodzą do Mogiły dziękować Jezusowi za świętego ich Założyciela i Ojca.